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常規測序及其他服務 微生物鑒定服務 16SrDNA鑒定

16SrDNA鑒定 生信分析 技術參數 常見問題 留言咨詢

        通過DNA測序對微生物進行物種鑒定(菌種鑒定)是比傳統生化鑒定更先進的鑒定方法。DNA測序不依賴菌種本身特點,對所有菌種均可使用。比傳統生化鑒定更加快速,準確。

        美吉憑借多年的微生物檢測經驗可為您提供快速、高效、權威的微生物檢測服務,包括細菌16srDNA鑒定、真菌18srDNA鑒定/真菌ITS鑒定和26S rDNA D1/ D2區鑒定。

        16S rDNA是編碼原核生物核糖體小亞基rRNA(16S rRNA)的DNA序列,長度約為1540bp,存在于所有細菌染色體基因組中。16S rDNA分子大小適中,突變率小,是細菌系統分類學研究中最常用、最有用的“分子鐘”。

        18S rDNA序列中既有保守區又有可變區,保守序列區域反映了生物物種間的親緣關系,而高變序列區域則能體現物種間的差異。由于18S rDNA在進化速率上比較保守,因此在系統發育研究中較適用于種級以上階元的分類。

        內轉錄間隔區ITS由于不需要加入成熟核糖體,因此在進化過程中能夠承受更多的變異,其進化速率為18S rDNA的10倍,屬于中度保守的區域, 其保守性基本上表現為種內相對一致,種間差異比較明顯。這種特點使ITS適合于真菌物種的分子鑒定以及屬內物種間或種內差異較明顯的菌群間的系統發育關系分析。利用它可研究種及種以下的分類階元。

        26S的D1/D2區域具有較高的變異率,可以用于親緣關系較近的菌株之間的分類研究。目前這一區域序列在酵母菌分類方面的應用是所有分子學方法中應用最多的,利用它可研究種及種以下的分類階元。


美吉優勢

1、鑒定成功率達98%以上

2、實驗過程無菌操作,可避免外源污染,保證實驗結果的真實有效。






       1.若提供平板、甘油菌或穿刺菌,請注明培養條件,菌種培養需特殊培養基的請提供培養基;請確保您提供的平板或斜面上的單菌落經過至少三次的分離純化。因實驗樣品不純造成的測序套峰,我們將收取全額的實驗費用。
       2.若提供基因組DNA樣品,請確保其濃度≥10ng/μl,總體積≥50μl,樣品定量檢測結果將以我們為準。
       3.若提供的菌株為革蘭氏陽性菌,建議您提供基因組DNA。
       4.若提供的為培養后的菌液,請確保包裝的密封性和菌液的濃度,使最終離心后菌體質量不低于0.5g。
       5.我們不接受具有致病性的樣品。如果您的菌株帶有致病性,請提供該菌株的基因組DNA,并對其進行處理以滅活致病菌。


(1)菌種鑒定的方法和步驟是什么?

答:以細菌鑒定為例,一般只要提取基因組DNA,然后PCR擴增16srDNA片段,上GeneBank或者Eztaxon對比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認為是同種細菌。


(2)微生物的菌種鑒定可以鑒定到“株”一級嗎?

答:如果您的菌株是自然界中分離得到,就只能鑒定到種,不能鑒定到株,除非您知道您的細菌本來就是從某一株細菌擴增出來的。


(3)PCR擴增直接測序為什么會出現套峰的現象

答:a、測序結果個別堿基出現N,是由細菌rDNA多態性造成,對菌種鑒定沒有影響;

b、所有測序反應均出現大面積套峰,是由您提供的樣品模版不純造成的。這種情況需要重新純化菌種。


(4)PCR產物克隆測序為什么會出現結果分離的現象?

答:我們以菌種為模版直接進行PCR擴增,然后對PCR產物進行克隆測序,如果出現2種或以上的測序結果,說明您提供的模版不單一,即菌種不純,含有其他雜菌,這種情況建議您將菌種重新進行三次以上純化。


(5)菌種鑒定可以鑒定到種嗎?

答:利用rRNA的保守區域進行鑒定只是菌種鑒定的一個分子生物學指標,通過鑒定結果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪個種屬比較接近。如需鑒定至種,還需要結合DNA雜交、基因組GC含量、生理生化指標等來綜合判斷。


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