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蛋白質組學和代謝組學 定量蛋白質組學 Label Free

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非標記定量技術(Label free) 是近年來重要的質譜定量方法,用來比較的樣品無需昂貴的穩定同位素標簽做標記,提取的蛋白直接酶解后經過質譜分析產生數據。通過軟件對大規模的譜圖進行歸一化后,比較對應的質譜峰的強度,峰面積等一系列因素,來確定蛋白質在幾組樣本中的相對表達量變化。

適用范圍:

1. 環境樣本(土壤、污泥、海水)、腸道內容物、糞便等組間蛋白種類差異較大的樣本;

2. 研究者關注點在于不同樣本間的蛋白種類的差異情況;

       3. 一些水平極低的翻譯后修飾類型的定量分析。

技術優勢:

1. 無需使用昂貴的同位素標記試劑,實驗耗費低;

2. 對樣本的操作少,減少損失,最接近原始狀態;

3. 不受樣本條件的限制;

4. 對實驗操作穩定性、重復性要求高,要求至少做三次技術重復及生物學重復。




實驗流程



生信分析


送樣要求

樣品類型

樣品要求(/組樣品)

備注

蛋白質溶液

蛋白質總量≥300μg

重復實驗則量翻倍,建議準備兩份樣品備用。

組織樣品

樣品總量≥0.1g

按照蛋白質組織提取效率(蛋白:組織=7%

細胞樣品

細胞數量≥107

胰酶消化,按細胞凍存標準離心收集細胞即可。

體液樣品

血清≥200μL,腦脊液≥200μL,尿液≥1mL ,淚液≥1mL.

 



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論壇

案例分析:通過蛋白質組學發現早期肝癌的治療靶點

Nature, IF=51.577

 

結果解讀:

 

 

 

參考文獻:

Jiang Y, Sun A, Zhao Y et al., Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma. Nature. 2019;567(7747):257-261. doi: 10.1038/s41586-019-0987-8

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