美吉生物

基因表達調控 非編碼RNA miRNA測序

miRNA測序 生信分析 技術參數 案例解讀 常見問題 留言咨詢

       Small RNA是一大類調控分子,幾乎存在于所有的生物體中。Small RNA包括:miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等。Small RNA有多種多樣的作用途徑,包括mRNA降解、翻譯抑制、異染色質形成以及DNA去除,來調控生物體的生長發育和疾病發生。

        MicroRNA (miRNA)是一類內生的、長度約為20-24個核苷酸的小RNA,其在細胞內具有多種重要的調節作用。每個miRNA可以有多個靶基因,幾個miRNA也可以靶向同一個基因。這種復雜的調節網絡通過一個miRNA來調控多個基因的表達,也可以通過幾個miRNA來精細調控某個基因的表達。


技術路線

       利用高通量測序平臺,對富集到的18-32nt的小RNA片段進行測序,對獲得的有效數據進行序列長度分布統計,將篩選后的高質量序列分類注釋,獲得樣品中包含的各組分及表達量信息,并對所有小RNA片段進行注釋,對miRNA進行靶基因預測等分析。

 

美吉優勢

       豐富的經驗,成熟的實驗流程,可靠的數據保障;

       多種測序平臺,靈活應用,優勢互補;

       前沿的個性化生信分析;

       強大的運算能力。








送樣要求:總RNA≥3μg,濃度≥250ng/μl,OD260/280=1.8-2.2,OD260/230≥2.0;

建庫:膠回收small RNA文庫目標區域條帶

測序策略:Illumina SE50bp測序

測序數據量:10M reads/樣本



案例一

       基于前期研究,已有報道揭示了MSC可作為催化劑促進癌癥進展、侵襲和轉移,然而其具體的分子機制并未闡明。這篇文章通過一套完整的研究流程、闡明了腫瘤間充質干細胞(MSC)誘發的miRNA調節網絡,并證實了轉錄因子FOXP2在乳腺癌轉移中的關鍵角色。

       研究者發現所檢測到的miR-199a-3p可促使腫瘤干細胞的標記物乙醛脫氫酶(ALDHA1)的表達水平顯著提高,并增強腫瘤的發生能力。

 

圖 miR-199a和miR-214的表達導致腫瘤干細胞的增殖和轉移

 

參考文獻

Benjamin G Cuiffo, Antoine Cam-pagne, et al. MSC-Regulated MicroRNAs Converge on the Transcription Factor FOXP2 and Promote Breast Cancer Metastasis.Cell Stem Cell, 2014, 15: 762-774.

 

案例二

       作者觀察到脂肪來源干細胞(ASCs)分泌的微囊泡能夠增強人臍帶血內皮細胞的遷移和血管形成。RNA分析表明,內皮細胞培養基預處理的ASCs分泌的微囊泡中miR-31含量上升。進一步的研究顯示微囊泡中的miR-31能夠促進內皮細胞的遷移和血管形成。

圖ASCs細胞分泌的微囊泡中的miR-31能夠促進內皮細胞的遷移和血管形成

 

參考文獻

Ting Kang, Tia M. Jones,et al. Adipose-Derived Stem Cells Induce Angiogenesis via Microvesicle Transport of miRNA-31.Stem Cells Trans Med. 2016, 5: 4 440-450.



(1)small RNA分析需不需要參考基因組?

       需要,因為新miRNA的預測必須要通過其前體形成的二級結構進行分析,沒有參考基因組,則無法知道其前體可能的二級結構。或者,退而求其次的辦法,至少需要提供相應的參考轉錄組信息,以轉錄本作為參考序列用于small RNA的分析。


(2)如何驗證miRNA的表達量?

       設計miRNA專門的發夾狀反轉錄引物,定量PCR驗證其表達量。


(3)所有的物種small RNA都主要分布在20-24個堿基嗎?

       不是,這取決于物種和樣品特性,有些樣品就會在30nt左右表現出高豐度。



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