美吉生物

基因表達調控 轉錄組 互作轉錄組

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? ? ? ?物種間存在廣泛的相互作用,包括寄生、共生、競爭等,而普通的轉錄組只能研究單一物種的信息,不僅浪費一部分數據,而且在分離中也會對樣本本身造成一定的影響。而互作轉錄組,無需分離兩物種,避免分離造成的干擾,只構建一個轉錄組文庫便可得到兩物種的信息。同時,還可以通過互作模型圖獲得物種間基因的調控關系,得到兩物種間的相互作用機制。

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美吉優勢

? ? ? ?1.?獨具特色的取樣建庫流程,有效提高侵染物種的數據量;

? ? ? ?2.?新增研發分析內容,更好揭示物種間相互作用關系?;?

? ? ? ?3.?經驗豐富的技術和生信分析團隊,并有強大的計算機平臺作支撐;?

? ? ? ?4.?從實驗方案設計到后期數據挖掘,全面助力您的科學研究。?

應用范圍

? ? ? 1.?植物病害與抗病感病機理

? ? ? 2.?生理適應與分子響應

? ? ??3.?病原菌入侵與宿主免疫

? ? ? 4.?物種間共生機理

? ? ? 5.?物種共進化

組織樣品?

? ? ? ? 1.?動物組織:>2g?

? ? ? ? 2.?植物組織:>4g?

? ? ? ??3.?細胞培養:>1*107

? ? ? ? 4.?血液樣品:≥2ml?

? ? ? ??5.?菌體沉淀:2-4ml (密度約1*107個/ml,對數期或穩定初期)?

RNA樣品?

? ? ? ? 1.?真核樣本請提供濃度≥50ng/μL,總量≥2μg的RNA(單次建庫用量為1μg),原核樣本請提供濃度≥100ng/μL,總量≥4μg的RNA(單次建庫用量為2μg),對于總量不足常規建庫但多于10ng的樣本可以采用微量建庫;?

? ? ? ??2.?OD260/?280介于1.8 ~ 2.2之間,OD260/230≥2.0,RIN值≥6.5,28S:18S≥1.0,確保RNA無降解;?

? ? ? ? 3.?送樣時請標記清楚樣品編號,管口使用Parafilm膜密封;?

? ? ? ??4.?樣品保存期間切忌反復凍融;?

? ? ? ? 5.?送樣時請使用干冰運輸;?

測序量

? ? ? ??1.?真核對照樣本參照真核轉錄組測序量,為6G clean data

? ? ? ? 2.?原核對照樣本參照原核轉錄組測序量,為2G clean data

? ? ? ??3.?真核-真核、真核-原核互作樣本轉錄組測序量,為10G clean data(具體可視情況而定)。

建庫方式

? ? ? ? 1.?真核-真核互作轉錄組測序一般采用ployA富集方式得到mRNA

? ? ? ? 2.?真核-原核互作轉錄組測序一般采用去除核糖體RNA方式得到mRNA

案例1 沙門氏菌感染人細胞系

美國、奧地利和德國學者利用dual RNA-seq技術,以沙門氏菌和人細胞系為互作模型,研究了細菌sRNA與宿主基因的作用機制。沙門氏菌感染宿主細胞0h4h24h后,對宿主細胞和沙門氏菌基因進行分析。研究發現,沙門氏菌sRNA中的PinT上調最為明顯,同時PinTPhoP調控;此外,PinT可以調控自身毒力相關基因SPI-1下調、存活相關基因SPI-2上調,而SPI-2可以調控宿主JAK–STAT信號通路上調。

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圖 沙門氏菌侵染宿主后兩者相互作用模式

案例2 灰葡萄孢菌染萵苣

? ? ? ?B. Cinerea侵染L. Sativa?12h24h48h后,進行轉錄組測序。測序數據與參考基因組mappingmappingL. Sativa參考基因組的比率為77%左右,而mappingB. Cinerea參考基因組的比例隨著侵染時間延長而升高,其中在侵染后48h5.5%。侵染的三個時期中,病原菌與宿主中共檢測到11394598個差異變化基因,占總注釋到基因的44%。通過GO富集發現,宿主中上調的基因大都與植物防御病原菌相關。

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ??不同侵染時期基因表達水平heatmap? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ???侵染48h后代謝通路變化


參考文獻

1. Westermann A J, F?rstner K U, Amman F, et al. Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host–pathogen interactions[J]. Nature, 2016, 529(7587).

2. De C K, Mathys J, Vos C, et al. RNAseq-based transcriptome analysis of Lactuca sativa?infected by the fungal necrotroph Botrytis cinerea[J]. Plant Cell & Environment,?2013, 36(11):1992–2007.

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